Οι συλλογές Μεγάλων Δεδομένων που έχει στη διάθεσή του το Ι.Π.ΣΥ. χαρακτηρίζονται από ποικιλομορφία ως προς το αντικείμενο που αφορούν, τον όγκο τους, το μέγεθος, τον χρησιμοποιούμενο μορφότυπο και τα δικαιώματα χρήσης τους.
Ως εκ τούτου και για την αντιμετώπιση των προκλήσεων διαχείρισής τους αλλά και την μεγιστοποίηση των ωφελειών από την επαναχρησιμοποίησή τους εντός του φορέα, προκύπτει η βασική ανάγκη για δημιουργία ενός Αποθετηρίου Δεδομένων (data repository).
Το Αποθετήριο Δεδομένων αναλαμβάνει την οργάνωση, διαχείριση, διάθεση και αποθήκευση των συνόλων δεδομένων που διαθέτει το Ι.Π.ΣΥ. λειτουργώντας ως κύριο σημείο σταθερής απόθεσης και διάθεσης. Το Αποθετήριο Δεδομένων φιλοξενείται σε εξυπηρετητή του Ι.Π.ΣΥ., ενώ η πρόσβαση στα δεδομένα από τους τελικούς χρήστες γίνεται μέσα από εύχρηστο γραφικό περιβάλλον.
Βασικό χαρακτηριστικό του Αποθετηρίου Δεδομένων είναι ο έλεγχος πρόσβασης ανάλογα με τα δικαιώματα πρόσβασης του κάθε συνόλου δεδομένων, ώστε να εξασφαλίζεται η τήρηση της εμπιστευτικότητας για όποια σύνολα αυτό απαιτείται.